事业单位辞职三个月不批怎么办

您可以与公司协商要求批准，若不批可申请仲裁。依据《劳动合同法》，员工有权辞职，公司无故不批属违法，可能导致您权益受损，如工资拖欠等。
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可申请仲裁。具体操作：1. 与公司协商，明确表达辞职意愿并要求批准；2. 若协商无果，向劳动行政部门举报公司违法行为；3. 或申请劳动调解委员会调解；4. 最终可申请劳动仲裁，提交辞职申请、公司不批证据等，等待裁决。
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常见处理方式有协商、举报、调解和仲裁。建议先与公司协商，无果后向劳动行政部门举报或申请调解，仍无法解决则申请仲裁，以法律手段维护权益。